Parthénopé qui fut fondée en 600 av. J.-C. par les Grecs de Cumes, devient par la suite Paleopolis ville ancienne -. Puis en 500 av. J.-C., Neapolis, ville nouvelle -.
Alliée de Rome au IVe siècle av. J.-C., la ville conserve longtemps sa culture grecque. Son climat doux et la beauté de son site en font un lieu de villégiature privilégié des Romains fortunés. Virgile y séjourne au Ier siècle av. J.-C., et l'empereur Néron au Ier siècle apr. J.-C. Après la chute de l'Empire romain, au Ve siècle, Neapolis connaît une période de déclin et subit les conséquences des guerres gothiques. D'abord conquise par les Ostrogoths en 493, elle est reprise en 544 par les forces de l'Empire byzantin.
En 1137, les Normands s'emparent du duché qui est annexé au royaume de Naples (voir Sicile). Après l'émeute des Vêpres siciliennes de 1282, sous le règne de Charles Ier d'Anjou, la ville est érigée en capitale du royaume autonome de Naples, puis passe sous la domination espagnole. À son rôle de capitale culturelle et commerciale s'ajoutent alors un développement artistique et une croissance de la population. Cependant, cet essor démographique provoque une paupérisation accrue et entraîne une révolte populaire fomentée et dirigée par Masaniello.
Au cours du XIXe siècle, au sein du vaste mouvement qui va conduire à l'unification italienne, Garibaldi occupe Naples, qui rejoint alors l'État italien moderne, en 1861. Le port de Naples fait l'objet d'aménagements importants à la fin du XIXe siècle. La ville, auparavant victime de nombreuses épidémies de choléra, est alors équipée d'un nouveau système d'égouts et approvisionnée en eau potable, en 1884.
Lors de la Seconde Guerre mondiale, Naples est bombardée par les Alliés à plusieurs reprises, jusqu'à sa reddition en 1943. Le port, ainsi que certains quartiers, sont pratiquement anéantis et de nombreux immeubles rendus inhabitables. La reconstruction est fondée sur un plan destiné à faire de Naples une ville salubre et moderne.